Posso tomar suplemento probiótico enquanto tomo pantoprazol ou o pantoprazol pode de alguma maneira prejudicar ou matar as bactérias boas do probiótico?

Normalmente o pantoprazol não tem esse efeito de prejudicar a ação do probiótico, mas é importante buscar uma consulta médica para verificar se isso vale também para o probiótico que você está usando ou se é melhor usar outro tipo de suplemento.

O uso prolongado de inibidores da bomba de prótons, como omeprazol e pantoprazol, podem causar disbiose intestinal (maior prevalência de bactérias ruins do que boas). Dessa forma, promovem alterações no intestino que aumentam a inflamação e contribuem para o desenvolvimento de hipertensão, insuficiência cardíaca, inflamação crônica intestinal, entre outras condições.
Porém, quando há indicação de uso de pantoprazol após avaliação médica, o mesmo deve ser utilizado. Lembre-se que não adianta fazer uso do medicamento sem promover uma melhora no estilo de vida e excluir os fatores que desencadearam seu problema gástrico.