Oi minha filha estava tomando amoxicilina ibuprofeno e dipirona porém o tratamento para estomatite n

Olá mãe.
Hipotermia, que é a queda da temperatura deste jeito que você está narrando é em geral um sinal de infecção que ainda não está contornada, da mesma forma que a febre ou podem ocorrer por excesso de medicamentos para febre.
Ja estomatite é um processo causado por vírus em geral e que, portanto, não responde mesmo a nenhum antibiótico, leva em geral de 3-7 dias e melhora independente de qual remédio a criança esteja tomando. A menos que haja uma infecção secundária além da estomatite não deve ser dado nenhum medicamento fora a higiene local , bastante líquido e ótima alimentação, como sempre.
A própria febre não deve entendida como algo ruim. Ruim é o vírus estar atacando seu filho e a febre é o organismo dele se defendendo enquanto houver um "inimigo" atacando. Não deve ser inibida a menos que seu filho tenha história de convulsão febril ou doença no fígado. Te convido a ver uma postagem sobre FEBRE no meu Instagram Dramartaburlamaqui, para entender como proceder nestes casos.

A estomatite é uma infecção viral e geralmente não precisa de antibióticos, pois esses medicamentos são eficazes apenas contra infecções bacterianas. A principal abordagem para tratar a estomatite é aliviar os sintomas e ajudar a criança a se sentir mais confortável. É importante monitorar a temperatura e relatar qualquer queda anormal, como a que você descreveu, ao pediatra. Se a temperatura continuar caindo ou se houver outros sintomas preocupantes, procure atendimento médico urgente. Estou disponível para uma consulta presencial no Rio de Janeiro ou por telemedicina, se precisar de mais orientações e suporte.