Meu filho recentemente começou a usar clonazepam e posteriormente começou a fazer movimentos de bate

Clonazepam é uma medicação usada muitas vezes com o intuito de reduzir ansiedade e agitação. Porém, em alguns casos, pode ocorrer uma reação paradoxal, tendo como resultado aumento de agitação. Esse tipo de reação é mais comum em alguns grupos, incluindo crianças e pessoas com deficiência intelectual.
Relate o ocorrido ao médico que prescreveu a medicação ao seu filho. Ele vai fazer perguntas para entender com mais detalhes o que significam esses movimentos. Apenas sabendo a história do seu filho e investigando melhor essa queixa será possível dizer se os movimentos estão relacionados ao uso do clonazepam ou se têm outra causa.

Olá.
Pode, mas não é comum.
O ideal é retornar ao médico para realizar uma avaliação de outros causas antes de concluir que seja do clonazepam.
Movimentos repetitivos pode estar associado a convulsões, TOC, Tique, tremores, estereotipias, etc.