Fiz uma colonoscopia a uma semana atrás, que deu ileíte leve, e foi feito biópsia. Porém notei que

Olá, não; biópsia não é pra causar dor.
A perfuração é uma complicação grave e rara, e causa uma série de problemas além da dor. E a dor é forte e geralmente progressiva. É muito pouco provável, pela sua descrição, que tenha tido uma perfuração. Se não melhorar, fale com o colonoscopista que realizou o exame. Tenho certeza que ele elucidará suas dúvidas. Espero ter ajudado.
Boa sorte.

A dor pode ser desta ileíte. A biópsia endoscópica não provoca dor. E dor por perfuração geralmente é intensa e acompanhada de outros sintomas como distensão abdominal, febre e vômitos.

Não, nos casos onde há perfuração a dor é bem mais aguda e acompanha sinais de infecção (febre, taquicardia).
No entanto, com o diagnóstico de ileíte, é importante você ser avaliado por um especialista pois pode ser um indício de Doença de Crohn, sendo que a dor abdominal crônica ou recorrente, é um dos sintomas.
Fico à disposição!